Nació en Popayán en 1768. Estudió en el Seminario de Popayán. En 1788 se trasladó a Santafé de Bogotá, estudio Derecho en el Colegio Mayor de Nuestra Señora del Rosario. En 1801 entró en comunicación con José Celestino Mutis. Comenzó a recopilar plantas de manera poco sistemática. En 1805 fue vinculado como astrónomo a la Real Expedición Botánica y encargado del Observatorio Astronómico. En 18185, llamado por Camilo Torres y Tenorio, su primo, colabora en actividades de gobierno. A finales de ese año fue enviado a prestar sus servicios en el ejercito del norte. Ante el avance español, Caldas huyó al sur, fue apresado y puesto a ordenes del virrey SÓmano, trasladado a Bogotá, juzgado por un consejo de guerra, condenado a muerte y fusilado el 28 de octubre de 1816.
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