La historiografía colonial de América Latina ha enfatizado el papel central y decisivo que jugó la Iglesia Católica en el desarrollo de la conquista, colonización y transformación cultural de los habitantes del Nuevo Mundo. Pero la verdad es que sabemos muy poco sobre el desarrollo del cristianismo en el inicio de la colonización neogranadina. La mayoría de los estudios coloniales sobre territorio muisca no considera el papel de la Iglesia. Este estudio, enfatizando los obstáculos que enfrentaron los clérigos y los esfuerzos hechos para convertir a la población indígena, pone en duda el concepto popular de que la conquista espiritual de los muiscas fue rápida y completa. Este artículo, fruto de un cuidadoso análisis en los archivos coloniales de Colombia, España e Italia, debe ser considerado como un primer paso en la difícil reconstrucción de un proceso prolongado y muy complejo