La iniciativa de efectuar el estudio arqueológico en el actual Museo Colonial, se enmarca en el desarrollo de las obras de intervención que adelanta el Ministerio de Cultura y partió de la inquietud por parte de los restauradores de contar con mayores elementos de juicio sobre esta evolución y transformación de la edificación, particularmente desde las evidencias arqueológicas, vestigios de estructuras y hallazgo de materiales arqueológicos, las cuales son complementadas con los datos históricos asociados a estos. Producto del análisis integral de los resultados arrojados por los métodos aplicados, se plantea la interpretación de las evidencias, desde la que se busca responder a las preguntas sobre las cuales han sido sus cambios y que causas y posibles consecuencias trajeron las transformaciones del edificio y con estas a sus moradores, Con esto, además se contextualiza el inmueble con fenómenos más amplios, mediante la identificación de los acontecimientos relacionados con las actuaciones de la compañía entre la población santafereña y con los desarrollos de la ciudad.