La mayor parte de los barcos y tripulantes de la flota Nueva España de 1631 jamás regresaron, a través de varias décadas, el descubrimiento de los barcos hundidos y su precioso cargamento ha estado en la mente de los cazadores de tesoros nacionales y extranjeros que pretenden lucrar con sus vestigios. Actualmente existe un proyecto de arqueología subacuática que tiene como objetivo académico recuperar para la historia lo que le sucedió a esta flota, esta investigación es la más importante desarrollada hasta ahora en México y Latinoamérica. A partir de 1995 busca aprovechar una oportunidad única en la disciplina, investigar una flota en su conjunto, el resultado permitirá acercarse a diversas temáticas de interés histórico y arqueológico, por ejemplo, conocer las características de los diferentes tipos de barcos que componían las flotas, saber más sobre la vida a bordo de las embarcaciones del Siglo XVII e indagar sobre el comercio entre la Vieja y la Nueva España. El proyecto se inició con una larga y compleja investigación por los archivos históricos de la época para detectar documentos relativos a la flota se han consultado varios fondos en la Ciudad de México entre ellos el del Archivo General de la Nación Detectar y en los acervos de los Estados de Puebla, Veracruz, Tabasco, Campeche y Yucatán así como importantes documentos en Cuba y España. Determinar restos culturales sumergidos no es una tarea fácil ya que a través de los años, corales, esponjas y otras especies marinas se adhieren a los fragmentos, por lo tanto ya no es posible distinguirlos. Se requiere personal entrenado y experto en la materia. Cuando se ha identificado un sitio es necesario ubicar la posición exacta solo así se podrá regresar a el, para lograrlo se emplea un sistema de posicionamiento global con el que se obtiene sus coordenadas geográficas. Las evidencias encontradas deben registrarse cuidadosamente, en este sentido la arqueología subacuática debe ser precisa y delicada como la terrestre, la diferencia radica en los instrumentos que se utilizan ya que deben adecuarse al medio. El plano general del sitio se obtiene al elaborar mapas y croquis detallados a diversas escalas y con las orientaciones correspondientes así se puede llevar a cabo una interpretación espacial correcta entre los objetos encontrados.